許多獸醫師目前會針對長期或是急性下痢的動物給予益生菌作為輔助治療。但目前針對益生菌在腸胃道疾病使用上的效果研究不多，而且被研究的益生菌多半是某些特定菌種或是疾病。
      益生菌是一種活的微生物，當給予的量足夠時，可改善動物的健康。另外還有兩種類似的微生物，prebiotic 以及synbiotic。Prebiotic 是一種食物，但此物質無法被動物體消化而是用來讓腸道細菌發酵，藉由發酵後的物質來改變腸道細菌組成以及活性，因此可以建立健康的腸道菌叢。Synbiotic則是將益生菌Probiotic以及Prebiotic結合在一起。
      雖然目前沒有強而有力的實驗證明益生菌對於疾病治療有效，但這些實驗顯示給予非病原性的微生物的確有助於改善腸胃道健康、增進免疫系統，而且有越來越多的研究發現使用益生菌可幫助治療某些特定疾病，像是慢性腸胃道疾病、過敏性疾病、糖尿病、肥胖、肝臟疾病甚至行為問題。因為在人類以及老鼠實驗中發現，許多疾病的發生都與腸胃道菌叢改變有關，因此許多研究著重在投予益生菌來改變腸道菌叢對於疾病的治療效果。
    許多人醫的研究指出投予益生菌可能幫助穩定血糖、促進體重下降、改善異位性皮膚炎、改善肝臟疾病患者健康、降低血中脂肪、降低發炎反應、改善炎症性腸病病患生活品質、降低慢性下痢症狀、提高重症病患存活率以及減少牙周疾病的發生。
    在小動物醫療上，益生菌可改善慢性非典型下痢或是飼料引起之下痢問題。目前認為益生菌可能可以改善異位性皮膚炎的發炎程度，雖然不是臨床症狀的改善；在幼犬也可以促進生長以及加強疫苗效果；對於腸道疾病的高膽固醇也可達到控制的效果；而在病原控制上，可以減少狗糞便中的壞菌以及降低貓泡疹病毒的死亡率。然而對於最近一些益生菌產品宣稱可以減少狗梨型鞭毛蟲的症狀以及排菌或是降低貓慢性腎衰竭的氮血症則沒有直接的臨床證據。使用益生菌上目前尚無明顯的副作用，加上投予方便也算是益生菌使用的好處之一。
      益生菌通常加在食物中或是冷凍乾燥處理後置於膠囊、錠劑或粉劑中。適當的使用劑量目前還沒有定論，通常使用的劑量是依經驗來判定。常見的益生菌商品可能含有一種到多種菌種，也可能是以synbiotic的形式給予。
      益生菌作用的機制目前不明，初期的理論是益生菌在腸道建立自己的菌叢後再取代或是抑制其他有害的菌叢。然而因為腸胃道複雜的微生物生態、腸胃道絨毛上皮細胞的交互作用、神經系統的控制以及免疫系統的影響，
    腸胃道菌叢有許多功能，包含有消化食物、協助吸收營養、合成維生素、代謝藥物、促進腸道細胞生長、調解身體免疫系統。也因為這些功能關係到全身許多系統，所以如果生病、緊張、抗生素使用或是改變環境及食物等，都會讓腸胃道菌叢不穩定，因此影響到動物體的免疫功能以及其他器官功能。
      因為研究中發現，益生菌對健康改善的程度，與益生菌的種類以及欲治療的疾病有很大的關係，不過其中確切的機制目前不明。也因為如此，找出一個可能對動物健康或疾病有益處的益生菌不是這麼容易的事情。目前針對獸醫使用的益生菌研究多著重在評估特定菌種的存活率、製程中的功能性保留以及他們在腸道內的建立菌叢的能力。未來的研究將朝增進動物體健康以及改善疾病的方向繼續。
      一般來說，使用益生菌是相當安全的。因為給予活細菌造成有害的感染在人醫的領域的確是一個擔憂但卻十分少見真正發生的狀況，除非病患本身有免疫系統的疾病。
    品質控管不良應該是市面上益生菌使用最容易發生的問題，在美國的研究中發現，儘管市面上有大量的產品，卻只有三個產品，分別是purina公司、iams公司及nutramaslabs公司，含有包裝上所示的成分以及菌量，其他的益生菌產品不是沒有符合標示的成分、沒有確實標示、甚至根本沒有活的菌體。而上星期紐約時報的一篇報導更表市加拿大的人用營養補充品，像維生素、微量元素、植物萃取物等，事實上根本沒有像標示上的劑量甚至成分都不同。台灣目前沒有任何對於獸醫進口或台製益生菌內容的稽查機制，這部分只能靠授醫師檢視廠商的證明來幫飼主把關。而在國外都有內容物不實的狀況，所以單純因為進口產品就相信其標示似乎也有問題，我們只能檢視廠商所提出的檢驗證明來評斷是否為黑心商品了。
    此外益生菌使用的時機點、劑量以及疾病種類都尚未有詳細的研究資料佐證，對於目前市面上益生菌的機制其實也都不完全明確，另外這些益生菌在特定個體內會不會變成有害的病原也是一個風險。上述的問題讓益生菌使用上有其限制。因此我們目前不能期待單靠益生菌來達到治療疾病的效果，面對廣告上誇張的療效也不應該完全相信。
      益生菌的研究顯示其的確可以用在疾病的預防以及治療上，在未來實證醫學的研究除了會評估是何的菌種、劑量外，更會針對不同疾病的影響來找出最適合的益生菌。
      益生菌的使用的確可以改善動物健康以及改善疾病，但是在進一步研究結果出來前，我們不能將益生菌當作正規治療。此外，益生菌的研究事實上還不足，因此許多誇張的廣告號稱有療效，都讓人懷疑他們的研究根據是甚麼。除非未來有更多研究結果，目前對於益生菌的使用還是建議飼主注意：1. 不要盡信廣告上的效果2. 益生菌目前都只對特定疾病有幫助，應諮詢您的獸醫師後再給予動物益生菌3. 並非外國的產品就一定有好的品質管理，還是須謹慎查詢廠商的證明資料或諮詢您的獸醫師。